Thomas Gaillard

Curriculum Vitæ

Professeur assistant

Docteur en biochimie théorique

Ancien élève de l'École Polytechnique (X2000)

Ingénieur de l'École Nationale Supérieure de Chimie de Paris

État civil

Né le 14 février 1980 à Strasbourg, France
Nationalité française

Formation et qualifications

2008 Qualification CNU aux fonctions de maître de conférences (sections 31, 32 et 64)
2004 - 2007 Doctorat de biochimie théorique à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg 1, ULP)
2003 - 2004 DEA de chimie organique à l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, UPMC), mention bien
2003 - 2004 École Nationale Supérieure de Chimie de Paris (ENSCP)
2000 - 2004 École Polytechnique (promotion 2000)
1998 - 2000 Classes préparatoires (PCSI, PC*) au Lycée du Parc (Lyon)
1998 Baccalauréat série S, spécialité mathématiques, mention très bien

Expérience professionnelle

Recherche

2009 - présent Professeur assistant à l'École Polytechnique, Laboratoire de Biochimie.
Design computationnel de protéines.
2008 - 2009 Séjour post-doctoral à Rutgers University, BioMaPS Institute for Quantitative Biology.
Évaluation des modèles de simulation de l'ADN.
responsable : Dr David Case
2007 - 2008 Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP,
Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire.
Spectres d'acides aminés dans l'infrarouge lointain.
responsables : Dr Roland Stote et Pr Petra Hellwig
2004 - 2007 Doctorat à l'ULP, Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire.
Étude in silico de l'allostérie et des changements conformationnels
de grande envergure dans les intégrines.

directeurs : Dr Roland Stote et Dr Annick Dejaegere
2004 Stage de DEA de 5 mois à Paris 6, Laboratoire de Chimie Organique.
Réaction pseudo-domino : alkylation allylique - métathèse.
responsables : Dr Guillaume Prestat, Dr David Madec, Pr Giovanni Poli
2003 Stage de recherche de 3 mois chez Eli Lilly, centre de recherche de Windlesham, Angleterre.
Synthèse organique au sein d'un projet « hit to lead ».
responsable : Dr Nick Camp

Enseignement

2009 - présent Professeur assistant à l'École Polytechnique
Département de Biologie : ≈130h/an
  • Cours/TD/TP de bioinformatique structurale en M2,
    Master Ingénierie et Chimie des Biomolécules et
    Master Bioinformatique et Biostatistiques
  • Cours/TD/TP de biologie computationnelle en 3e année (M1)
  • Projets en bioinformatique en 3e année (M1)
2007 - 2008 Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP
Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 96h
  • Cours/TD d'informatique en L1
  • TD de réactivité chimique en L2
  • TD de chimie pour les sciences du vivant en L1
  • TD de chimie biologique en L3
2004 - 2007 Monitorat d'initiation à l'enseignement supérieur à l'ULP
Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 192h
  • TD de réactivité chimique en L1 et L2
  • TD de chimie pour les sciences du vivant en L1
  • TD de chimie biologique en L3
  • TP de chimie organique en L3
Formation et projets collectifs : 20 jours

Encadrement

2018 Rojo Rakotoharisoa, Master 2 "In Silico Drug Design", Paris 7, 6 mois
2017 Élodie Zhou, stage de 3ème, collège Iqbal Masih, 1 semaine
2017 Babak Dalili, École Polytechnique 3ème année, 2 mois
2015 Claire Malherbe, Master 2 "Bioinformatique et Biologie des Systèmes", Toulouse, 6 mois
2014 Sabrina Davidas, Master 1 "In Silico Drug Design", Paris 7, 3 mois
2013 Nicolas Panel, Master 1 "Biologie-Informatique", Paris 7, 3 mois

Responsabilités

2013 - présent Membre du jury des stages du M1 Biologie-Informatique de Paris 7
2013 Expert pour l'Agence nationale de la recherche (ANR)
2012 - 2016 Participation à l'ANR ProtiCAD (ANR-12-MONU-0015)
2010 - présent Rapporteur pour Nucleic Acids Research, Journal of Chemical Theory and Computation, Journal of Molecular Graphics and Modelling et Current Opinion in Structural Biology

Autres

2002 Stage ouvrier de 2 mois chez L'Oréal, √† Vienne, Autriche
2000 - 2001 Stage de 9 mois dans la Marine Nationale
Officier sur un chasseur de mines
Médaille de bronze de la Défense Nationale, agrafe « Bâtiments de Combat »

Compétences techniques

Langues Anglais : courant
Allemand : interm√©diaire
Italien : notions
Informatique Mécanique et dynamique moléculaire : CHARMM, AMBER, XPLOR, NAMD, MMTK
Modélisation par homologie : Modeller
Amarrage moléculaire : AutoDock, Vina
Visualisation de molécules : PyMOL, VMD, Molscript
Alignement de séquences : BLAST, Clustal, Muscle
Chimie quantique : GAUSSIAN, CASTEP, CPMD
Langages : C, Fortran, Java, Perl, Python, shell script (Bash, Zsh, Grep, Sed, Awk, ...), LaTeX, (x)HTML, CSS
Système : GNU/Linux, administration système, réseaux, serveurs (web, mail, news, bases de données, wiki, ...), gestionnaire de ressources de calcul (TORQUE/Maui)

Publications et communications