Curriculum Vitæ

Professeur assistant

Docteur en biochimie théorique

Ancien élève de l'École Polytechnique (X2000)

Ingénieur de l'École Nationale Supérieure de Chimie de Paris

État civil

Né le 14 février 1980 à Strasbourg, France
Nationalité française

Formation et qualifications

2008	Qualification CNU aux fonctions de maître de conférences (sections 31, 32 et 64)
2004 - 2007	Doctorat de biochimie théorique à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg 1, ULP)
2003 - 2004	DEA de chimie organique à l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, UPMC), mention bien
2003 - 2004	École Nationale Supérieure de Chimie de Paris (ENSCP)
2000 - 2004	École Polytechnique (promotion 2000)
1998 - 2000	Classes préparatoires (PCSI, PC*) au Lycée du Parc (Lyon)
1998	Baccalauréat série S, spécialité mathématiques, mention très bien

Expérience professionnelle

Recherche

2009 - présent	Professeur assistant à l'École Polytechnique, Laboratoire de Biochimie. Design computationnel de protéines.
2008 - 2009	Séjour post-doctoral à Rutgers University, BioMaPS Institute for Quantitative Biology. Évaluation des modèles de simulation de l'ADN. responsable : Dr David Case
2007 - 2008	Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP, Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire. Spectres d'acides aminés dans l'infrarouge lointain. responsables : Dr Roland Stote et Pr Petra Hellwig
2004 - 2007	Doctorat à l'ULP, Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire. Étude in silico de l'allostérie et des changements conformationnels de grande envergure dans les intégrines. directeurs : Dr Roland Stote et Dr Annick Dejaegere
2004	Stage de DEA de 5 mois à Paris 6, Laboratoire de Chimie Organique. Réaction pseudo-domino : alkylation allylique - métathèse. responsables : Dr Guillaume Prestat, Dr David Madec, Pr Giovanni Poli
2003	Stage de recherche de 3 mois chez Eli Lilly, centre de recherche de Windlesham, Angleterre. Synthèse organique au sein d'un projet « hit to lead ». responsable : Dr Nick Camp

Enseignement

2009 - présent	Professeur assistant à l'École Polytechnique Département de Biologie : ≈130h/an Cours/TD/TP de bioinformatique structurale en M2, Master Ingénierie et Chimie des Biomolécules et Master Bioinformatique et Biostatistiques Cours/TD/TP de biologie computationnelle en 3^e année (M1) Projets en bioinformatique en 3^e année (M1)
2007 - 2008	Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 96h Cours/TD d'informatique en L1 TD de réactivité chimique en L2 TD de chimie pour les sciences du vivant en L1 TD de chimie biologique en L3
2004 - 2007	Monitorat d'initiation à l'enseignement supérieur à l'ULP Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 192h TD de réactivité chimique en L1 et L2 TD de chimie pour les sciences du vivant en L1 TD de chimie biologique en L3 TP de chimie organique en L3 Formation et projets collectifs : 20 jours

Encadrement

2018	Rojo Rakotoharisoa, Master 2 "In Silico Drug Design", Paris 7, 6 mois
2017	Élodie Zhou, stage de 3ème, collège Iqbal Masih, 1 semaine
2017	Babak Dalili, École Polytechnique 3ème année, 2 mois
2015	Claire Malherbe, Master 2 "Bioinformatique et Biologie des Systèmes", Toulouse, 6 mois
2014	Sabrina Davidas, Master 1 "In Silico Drug Design", Paris 7, 3 mois
2013	Nicolas Panel, Master 1 "Biologie-Informatique", Paris 7, 3 mois

Responsabilités

2013 - présent	Membre du jury des stages du M1 Biologie-Informatique de Paris 7
2013	Expert pour l'Agence nationale de la recherche (ANR)
2012 - 2016	Participation à l'ANR ProtiCAD (ANR-12-MONU-0015)
2010 - présent	Rapporteur pour Nucleic Acids Research, Journal of Chemical Theory and Computation, Journal of Molecular Graphics and Modelling, Current Opinion in Structural Biology, Journal of Chemical Information and Modeling et Bioinformatics

Autres

2002	Stage ouvrier de 2 mois chez L'Oréal, à Vienne, Autriche
2000 - 2001	Stage de 9 mois dans la Marine Nationale Officier sur un chasseur de mines Médaille de bronze de la Défense Nationale, agrafe « Bâtiments de Combat »

Compétences techniques

Langues	Anglais : courant Allemand : intermédiaire Italien : notions
Informatique	Mécanique et dynamique moléculaire : CHARMM, AMBER, XPLOR, NAMD, MMTK, Tinker Modélisation par homologie : Modeller Amarrage moléculaire : AutoDock, Vina Visualisation de molécules : PyMOL, VMD, Molscript Alignement de séquences : BLAST, Clustal, Muscle Chimie quantique : GAUSSIAN, CASTEP, CPMD, Psi4, NWChem Langages : C, Fortran, Java, Perl, Python, shell script (Bash, Zsh, Grep, Sed, Awk, ...), LaTeX, (x)HTML, CSS Système : GNU/Linux, administration système, réseaux, serveurs (web, mail, news, bases de données, wiki, ...), gestionnaire de ressources de calcul (TORQUE/Maui)

Langues

Anglais : courant
Allemand : intermédiaire
Italien : notions

Informatique

Mécanique et dynamique moléculaire : CHARMM, AMBER, XPLOR, NAMD, MMTK, Tinker
Modélisation par homologie : Modeller
Amarrage moléculaire : AutoDock, Vina
Visualisation de molécules : PyMOL, VMD, Molscript
Alignement de séquences : BLAST, Clustal, Muscle
Chimie quantique : GAUSSIAN, CASTEP, CPMD, Psi4, NWChem
Langages : C, Fortran, Java, Perl, Python, shell script (Bash, Zsh, Grep, Sed, Awk, ...), LaTeX, (x)HTML, CSS
Système : GNU/Linux, administration système, réseaux, serveurs (web, mail, news, bases de données, wiki, ...), gestionnaire de ressources de calcul (TORQUE/Maui)

Thomas Gaillard