Thomas Gaillard

Curriculum Vitæ

Professeur assistant à l'École Polytechnique

Docteur en chimie

Ancien élève de l'École Polytechnique (X2000)

Ingénieur de l'École Nationale Supérieure de Chimie de Paris

État civil

Né le 14 février 1980 à Strasbourg, France
Nationalité française

Formation et qualifications

2008 Qualification CNU aux fonctions de maître de conférences (sections 31, 32 et 64).
2004 - 2007 Doctorat de chimie à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg 1, ULP).
2003 - 2004 DEA de chimie organique à l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, UPMC), mention bien.
2003 - 2004 École Nationale Supérieure de Chimie de Paris (ENSCP).
2000 - 2004 École Polytechnique (promotion 2000).
1998 - 2000 Classes préparatoires (PCSI, PC*) au Lycée du Parc (Lyon).
1998 Baccalauréat série S, spécialité mathématiques, mention très bien.

Expérience professionnelle

Recherche

2009 - présent Professeur assistant à l'École Polytechnique,
Laboratoire de Biologie Structurale de la Cellule.
Design computationnel de protéines.
2008 - 2009 Séjour post-doctoral à Rutgers University, BioMaPS Institute for Quantitative Biology.
Évaluation des modèles de simulation de l'ADN.
responsable : Dr David Case
2007 - 2008 Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP,
Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire.
Spectres d'acides aminés dans l'infrarouge lointain.
responsables : Dr Roland Stote et Pr Petra Hellwig
2004 - 2007 Doctorat à l'ULP, Laboratoire de Biophysicochimie Moléculaire.
Étude in silico de l'allostérie et des changements conformationnels
de grande envergure dans les intégrines.
directeurs : Dr Roland Stote et Dr Annick Dejaegere
2004 Stage de DEA de 5 mois à Paris 6, Laboratoire de Chimie Organique.
Réaction pseudo-domino : alkylation allylique - métathèse.
responsables : Dr Guillaume Prestat, Dr David Madec, Pr Giovanni Poli
2003 Stage de recherche de 3 mois chez Eli Lilly, centre de recherche de Windlesham, Angleterre.
Synthèse organique au sein d'un projet « hit to lead ».
responsable : Dr Nick Camp

Enseignement

2009 - présent Professeur assistant à l'École Polytechnique
Département de Biologie : 192h/an
  • Cours/TD/TP de bioinformatique structurale en M2,
    Master Biologie et Santé (X),
    Master Ingénierie et Chimie des Biomolécules (Paris-Saclay),
    Master Bioinformatique et Biostatistiques (Paris-Saclay)
  • Cours/TD de biologie synthétique en M2,
    Master Biologie et Santé (X)
  • Cours/TD/TP de biologie computationnelle en 3e année de l'X (M1)
  • Projets en bioinformatique en 3e année de l'X (M1)
  • Module expérimental de biologie synthétique en 2e année de l'X
2007 - 2008 Attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER) à l'ULP
Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 96h
  • Cours/TD d'informatique en L1
  • TD de réactivité chimique en L2
  • TD de chimie pour les sciences du vivant en L1
  • TD de chimie biologique en L3
2004 - 2007 Monitorat d'initiation à l'enseignement supérieur à l'ULP
Faculté de Chimie et faculté des Sciences de la Vie : 192h
  • TD de réactivité chimique en L1 et L2
  • TD de chimie pour les sciences du vivant en L1
  • TD de chimie biologique en L3
  • TP de chimie organique en L3
Formation et projets collectifs : 20 jours

Encadrement

2025-2027 Post-doctorat, 18 mois, à venir
2024-2025 X 3e année (M1), 6 mois, Antoine Foucher
2024-2025 X 3e année (M1), 6 mois, Violette Gontran
2023-2024 X 2e année (L3), 6 mois, Violette Gontran
2023-2024 X 3e année (M1), 6 mois, Tristan Hacquard
2023 M1, 2 mois, Lucas Aubert, master "bio-informatique", Aix-Marseille
2022 X 3e année (M1), 3 mois, Yifei Wang
2022 X 3e année (M1), 2 mois, Yifei Wang
2021 Bachelor de l'X 1re année (L1), 2 mois, Yi-Yao Tan
2020-2022 Doctorat, 2 ans, Paula Mihaljevic-Juric
2020 M2, 6 mois, Emma Goulard de Lacam, master "In Silico Drug Design", Paris 7
2018 M2, 6 mois, Rojo Rakotoharisoa, master "In Silico Drug Design", Paris 7
2017 stage de 3e, 1 semaine, Élodie Zhou, collège Iqbal Masih
2017 X 3e année (M1), 2 mois, Babak Dalili
2015 M2, 6 mois, Claire Malherbe, master "Bioinformatique et Biologie des Systèmes", Toulouse
2014 M1, 3 mois, Sabrina Davidas, master "In Silico Drug Design", Paris 7
2013 M1, 3 mois, Nicolas Panel, master "Biologie-Informatique", Paris 7

Responsabilités

2025 - 2029 Partenaire du projet PEPR B-BEST BioFUMAC
2024 - présent Membre de comité de suivi de thèse
2017 - présent Membre du comité de suivi collégial des élèves de l'École Polytechnique
2013 - présent Expert pour Agence Nationale de la Recherche (ANR JCJC), Alliance Sorbonne Université (AAP Émergence), Katholieke Universiteit Leuven (Research Council)
2013 - 2021 Membre du jury des stages du M1 Biologie-Informatique de Paris 7
2012 - 2016 Participation au projet ANR ProtiCAD (ANR-12-MONU-0015)
2010 - présent Rapporteur pour Nucleic Acids Research, Current Opinion in Structural Biology, Journal of Chemical Theory and Computation, Journal of Molecular Graphics and Modelling, Journal of Chemical Information and Modeling, Bioinformatics, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Biology Direct, Journal of Computational Chemistry, Journal of Computational Biophysics and Chemistry et BMC Bioinformatics

Autres

2002 Stage ouvrier de 2 mois chez L'Oréal, à Vienne, Autriche
2000 - 2001 Stage de 9 mois dans la Marine Nationale
Officier sur un chasseur de mines
Médaille de bronze de la Défense Nationale, agrafe « Bâtiments de Combat »

Compétences techniques

Langues Anglais : courant
Allemand : occasionnel
Italien : notions
Informatique Mécanique et dynamique moléculaire : AMBER, CHARMM, NAMD, XPLOR, MMTK, Tinker
Prédiction de structure : Modeller, AlphaFold, RoseTTAFold
Amarrage moléculaire : AutoDock, Vina
Design de protéines : Proteus, Rosetta, ProteinMPNN, RFdiffusion
Visualisation moléculaire : PyMOL, VMD
Analyse de séquences : BLAST, Clustal, MUSCLE, HMMER
Chimie quantique : GAUSSIAN, CASTEP, Psi4
Langages : C, Fortran, Java, Perl, Python, shell script, LaTeX, (x)HTML, CSS
Système : GNU/Linux, administration système, réseaux, serveurs, gestionnaire de ressources de calcul

Publications et communications